Die historischen Wurzeln der Akaflieg reichen zurück bis in die 20er Jahre. Das genaue Erstgründungsjahr als studentisch-akademische Gemeinschaft an der Universität Freiburg ist leider nicht mehr bekannt. Im Jahre 1931 trat die Akaflieg als Mitausrichter der 2. Delufrei (Deutsche Luftfahrtwerbung Freiburg) in Erscheinung, wobei zwei im Stadtarchiv Freiburg erhaltene Exemplare des Programmhefts darüber noch Zeugnis geben können. 1933 wurde die Akademische Fliegergruppe zwangsweise aufgelöst und das Inventar der Ortsgruppe Freiburg des DLV (Deutscher Luftsport Verband) zugeführt, der seinerseits 1937 in das NSFK (Nationalsozialistisches Fliegerkorps) eingegliedert wurde – das Segelfliegen wurde fortan u.a. zur vormilitärischen Ausbildung missbraucht. Die Auflösung der Akaflieg hatte zur Folge, dass am damaligen Institut für Leibesübungen, Abt. Luftfahrt, zeitweilig keine Möglichkeit mehr bestand Segelflug zu lehren und zu betreiben. Als in Deutschland 1951 das Fliegen für Deutsche wieder erlaubt wurde, entstand die Akademische Fliegergruppe als Vereinigung von luftsportbegeisterten Studierenden und Dozenten an der Universität Freiburg erneut und betrieb bzw. belebte das Segelfliegen an der Universität wiederum zusammen mit dem Institut für Leibesübungen.
Diese enge Verbindung wurde jedoch auf Betreiben des Kultusministeriums um 1964 weitgehend gelöst und Anfang der 80er Jahre auf Wunsch der Universität Freiburg mit der Änderung des Vereinsnamens (bis dahin: Akademische Fliegergruppe an der Universität Freiburg i. Br. e.V.) auch nach außen hin erkennbar. Im Sommer 1984 begann die Akaflieg mit dem Bau einer neuen Halle mit Werkstatt und Clubheim. Der überwiegende Teil der Arbeiten wurde in Eigenleistung erbracht.